대장내시경 검사는 장정결 후 대장 전체를 관찰하는 검사입니다. 약 95%에서 가장 깊은 곳의 대장인 맹장까지 관찰할 수 있습니다. 10명 중 3-4명에서는 용종이 발견됩니다. 작은 용종은 가급적 대장내시경 검사 도중 조직검사 겸자 혹은 올가미를 이용하여 제거하고 있습니다. 좀 더 크거나 접근이 어려운 위치의 용종은 당일에 제거하기 어렵기 때문에 추후 입원하여 제거하기도 합니다. 장 천공은 대장내시경의 0.3-0.4%, 용종절제술시 < 1% 미만에서 발생합니다. 출혈은 대장내시경에는 드물고 대장 용종절제술 시행 시 약 2.5%에서 발생합니다. 장 천공이나 출혈이 심한 경우에는 응급수술이 필요할 수 있습니다.